Inspirée de la muséographie du 19e, voire du 18e siècle, l'exposition permanente possède un charme certain, avec vitrines anciennes et étiquettes écrites à la main.
Galeries nord et sud
La plus importante en terme de surface et d'animaux exposés, cette exposition présente de manière systématique les principaux groupes d'animaux vertébrés que l'on rencontre sur notre planète.
Disparus!
Le musée possède une collection d'animaux disparus, petite mais très précieuse. Une salle leur est consacrée, et fait le point sur les menaces qui pèsent actuellement sur la biodiversité et les moyens de la préserver.
Salle d'anatomie comparée
Destiné à l'enseignement universitaire, ce « musée du musée » a subi peu de modifications et offre un spectacle impressionnant de rangées de bocaux, de squelettes et de monstres à deux têtes. Un espace est dédié à la cryptozoologie, une branche de la biologie qui étudie les animaux dont on n'est pas sûr qu'ils existent. Les plus connus sont le yéti, le bigfoot ou le monstre du Loch Ness.