L'esposizione permanente delle collezioni archeologiche e storiche è presentata in due sale, la sala Troyon (preistoria) e la sala Naef (storia). Ingresso libero
Nelle regioni prossime alle Alpi, i resti più antichi dell'occupazione umana sono stati cancellati dall'avanzata dei ghiacciai. Il percorso espositivo inizia quindi intorno al 15.000 a.C. a.C., con le testimonianze degli ultimi cacciatori-raccoglitori, nomadi, eredi di un modo di vivere che risale agli albori dell'umanità.
Poi i primi agricoltori-allevatori si insediarono in una terra di cui si sarebbero progressivamente appropriati e che avrebbero plasmato, disboscandola e coltivandola.
L'età del bronzo segna l'incremento degli scambi e dei commerci, nonché l'affermarsi di una società gerarchica.
L'età del Ferro è caratterizzata dallo sviluppo della civiltà celtica e partecipa agli albori di quella che dovremmo chiamare storia, con le prime tracce scritte, in cui si menzionano i nomi di popoli "barbari", tra cui gli Elvezi.
Con l'adozione della cultura romana, in particolare della sua lingua, le fonti scritte divennero abbondanti e completarono i dati archeologici.