L'esposizione permanente delle collezioni archeologiche e storiche è presentata in due sale, la sala Troyon (preistoria) e la sala Naef (storia). Ingresso libero
Nelle regioni prossime alle Alpi, le vestigia più antiche dell'occupazione umana sono state cancellate dall'avanzata dei ghiacciai. Di conseguenza il percorso espositivo inizia intorno al 15.000 a.C. aC, con le testimonianze degli ultimi cacciatori-raccoglitori, nomadi, eredi di uno stile di vita che risale agli albori dell'umanità.
Poi, i primi agricoltori-allevatori si stabiliscono in una terra di cui si approprieranno e modelleranno progressivamente, attraverso dissodamenti e coltivazioni.
L'età del bronzo segna l'aumento degli scambi e del commercio, nonché l'emergere di una società gerarchica.
L'età del Ferro è caratterizzata dallo sviluppo della civiltà celtica, e partecipa agli albori di quella che dovremmo chiamare storia, con le prime tracce scritte, che menzionano i nomi di popoli “barbari”, tra cui gli Elvezi.
Con l'adozione della cultura romana, in particolare della sua lingua, le fonti scritte divennero abbondanti e integrarono i dati archeologici.